Người Ai Cập cổ đại ban đầu biết đến Thebes với tên gọi là Wo'se hoặc Wase. Một was là một cây quyền trượng của các vị pharaon. Từ giai đoạn cuối của thời kỳ Tân Vương quốc trở đi, Thebes được biết đến trong tiếng Ai Cập là Niwt-'Imn, "Thành phố của Amun". Amun là vị thần đứng đầu trong số bộ ba vị thần của Thebes, các vị thần còn lại là Mut và Khonsu. Tên gọi này của Thebes xuất hiện trong Kinh thánh như là thành phố "Nōʼ ʼĀmôn" (נא אמון) trong tác phẩm Sách Nahum [4] và là thành phố "No" (נא) được đề cập trong sách Ezekiel [5] và sách Jeremiah[6][7]

Thebes là tên gọi trong tiếng La tinh của Thebai, cách gọi theo tiếng Hy Lạp của tên gọi Ta-pe trong ngôn ngữ bình dân của người Ai Cập. Đây là tên gọi địa phương dành cho khu phức hợp đền Karnak ở bờ phía bắc của thành phố chứ không phải bản thân nó. Ngay từ thời điểm sử thi Iliad của Homer ra đời,[8] người Hy Lạp đã phân biệt Thebes của người Ai Cập như là thành phố Thebes của Trăm Cánh Cổng (Θῆβαι ἑκατόμπυλοι, Thēbai hekatómpyloi) hoặc thành phố Thebes Trăm Cổng, trái ngược với thành phố "Thebes của Bảy Cánh Cổng "(Θῆβαι ἑπτάπυλοι, Thēbai heptapyloi) ở Boeotia, Hy Lạp[n 1]

Theo cách hiểu của người Hy Lạp, Amun giữ vai trò giống như là Zeus Ammon. Do đó, tên gọi này được dịch sang tiếng Hy Lạp là Diospolis, "Thành phố của Zeus". Để phân biệt nó với các thành phố khác cũng sử dụng tên gọi này, nó được gọi là Đại Diospolis (Διόσπολις Μεγάλη, Dióspolis Megálē, tiếng Latin: Diospolis Magna). Tên gọi theo tiếng Hy Lạp này đã được sử dụng rộng rãi hơn sau khi Alexander Đại Đế chinh phục Ai Cập, khi đó đất nước này được cai trị bởi triều đại Ptolemaios gốc Macedonia.